用45个SNP位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体的遗传状况分析

摘要/Abstract

摘要： 摘要：目的利用单核苷酸多态性位点对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体进行群体遗传结构分析。方法选取文献中45个SNP位点，采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对来自国家啮齿类实验动物种子中心北京和上海分中心的ICR各1个群体，上海分中心的1个KM封闭群小鼠样本进行等位基因分型，分析群体遗传结构，并进行群体间遗传差异分析。结果 3个封闭群小鼠有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、平均杂合度(Ha)、多态信息含量(PIC)、香隆信息指数等遗传参数各不相同。同一群体的结果与微卫星DNA和生化位点的结果相比，SNP检测的参数值较低。但将3个群体中单态的SNP位点去除后参数值有所上升，尤其香隆指数值与STR检测结果接近。结论所选SNP位点可用于封闭群小鼠遗传质量检测，所检测的3个群体遗传多样性用杂合度评价为SKM >BICR >SICR。

关键词: ICR小鼠, KM小鼠, 单核苷酸多态性, 群体遗传

Abstract: Abstract: Objective To analyze the population genetic structure of 3 outbred mice populations from National Rodent Seed Center by single nucleotide polymorphism loci. Method We selected 45 SNPs from references to genotype 2 ICR populations, 1 from National Rodent Seed Center Beijing and 1 from Shanghai, 1 KM population of National Rodent Seed Center (Shanghai) by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-Of-Flight Mass Spectrometry(MALDI-TOF MS) technology, and then analyzed the population genetic structure and compared the genetic difference of these 3 populations. Result The population genetic parameters including number of alleles (Ne), observed heterozygosity(Ho), expected heterozygosity(He), average heterozygosity(Ha), polymorphism information content(PIC), and Shannon’s information index (SI) of 3 populations were absolutely different. Compared with the previous result of STR and biochemical markers, the value of these genetic factors detected by SNP were pretty lower. However, if the monomorphism of SNP loci in 3 populations were removed, the value of these genetic parameters would be increased; especially SI could be close to the data detected by STR. Conclusion The selected SNP loci could be used to detect the genetic quality of outbred mice. According to the evaluation by average heterozygosity, the genetic variation of 3 mice populations is SKM >BICR >SICR.

Key words: ICR mice, KM mice, SNP, Population genetic structure

李银银，王洪，李长龙，郭萌，魏杰，张钰，黄韧，陈振文，杜小燕. 用45个SNP位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体的遗传状况分析[J]. 实验动物科学, 2018, 35(01): 1-.

[1]	龙烟朦, 郑天威, 张巧稚, 苗向南, 田军, 尹良宏, 韩雪. 2017—2019 年 CD ( SD)大鼠 240 个 SNP 位点遗传检测结果分析 [J]. 实验动物科学, 2021, 38(5): 32-.
[2]	霍桂桃，胡燕平，杨莹，赵婷婷，宋捷，汪祺，文海若. ICR小鼠体内染色体畸变试验的优化[J]. 实验动物科学, 2019, 36(05): 1-.
[3]	马雪娜，白静，陈舒婷，雒东，李雅婵，周子娟，王福金，王爱国，王靖宇. SLC1A2基因SNP位点与拉布拉多和金毛猎犬活跃度的相关性研究[J]. 实验动物科学, 2019, 36(05): 9-.
[4]	胡建武，李树梅，梁俊仕，余光祯，李亮，武会娟，陈禹保. 不同垫料对SPF级KM小鼠学习记忆能力的影响[J]. 实验动物科学, 2019, 36(03): 13-.
[5]	李银银, 王洪, 李长龙, 郭萌, 魏杰. 用45 个SNP 位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3 个封闭群小鼠群体的遗传状况分析∗[J]. 实验动物科学, 2018, 35(1): 1-.
[6]	罕园园, 孙晓梅, 匡德宣, 陆彩霞, 仝品芬, 王文广, 李娜, 余波, 代解杰. 树鼩脂肪转录组SNP 位点发掘及其功能注释[J]. 实验动物科学, 2016, 33(03): 13-19.
[7]	赵明媛, 韩芳, 李雅婵, 俞剑熊, 张雅丽, 周子娟, 王福金, 王爱国, 王靖宇. 拉布拉多犬髋关节发育不良相关基因的SNP 位点的检测[J]. 实验动物科学, 2015, 32(04): 21-25.
[8]	赵明媛, 俞剑熊, 韩芳, 李雅婵,张雅丽, 周子娟, 王福金, 王爱国, 王靖宇. 拉布拉多犬神经类型相关基因SNP的分析[J]. 实验动物科学, 2015, 32(03): 38-43.
[9]	俞剑熊,张雅丽,周子娟,王福金,王爱国,王靖宇. 拉布拉多犬与金毛猎犬毛色基因 MC1R( Ｒ306ter) 与 TYRP1( Q331ter) SNP 位点的检测[J]. 实验动物科学, 2014, 31(03): 37-41.
[10]	许迪, 叶明霞, 熊美云, 孔利佳. WHPI经腹腔注射和静脉注射对小鼠的急性毒性研究[J]. 实验动物科学, 2011, 28(05): 66-.
[11]	乔欣, 李胜利, 焦昆, 卢静. ICR母鼠代乳在长爪沙鼠剖腹产净化中的应用[J]. 实验动物科学, 2011, 28(02): 37-39.
[12]	焦昆, 乔欣, 李胜利, 孟霞, 孟爱龙, 康志明, 卢静. 矿泉水对ICR小鼠生理、生化的影响[J]. 实验动物科学, 2011, 28(01): 63-65.
[13]	赵玉琼;姚春涛;赵亚力;赵权;郭雄明;张铁军;陈华;. 我国特有的三个小型猪品系PGC-1基因外显子8的多态性分析[J]. 实验动物科学, 2008, 25(06): 29-32.
[14]	王冬平;李慕;尚世臣;孙岩松;凡秀;李桂军;. 不同日龄SPF级KM小鼠血液生理生化正常指标的探讨[J]. 实验动物科学, 2008, 25(04): 5-8.
[15]	何康;冯有辉;罗红梅;. 不同厂家的戊巴比妥钠对大鼠和家兔麻醉效果的比较[J]. 实验动物科学, 2008, 25(01): 12-14.

用45个SNP位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体的遗传状况分析

Population Genetic Structure Analysis of 3 Outbred Mice Populations from NationalRodent Seed Center Using 45 loci of Single Nucleotide Polymorphism

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics