树鼩脂肪转录组SNP 位点发掘及其功能注释

实验动物科学 ›› 2016, Vol. 33 ›› Issue (03): 13-19.

树鼩脂肪转录组SNP 位点发掘及其功能注释

( 1．中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心，昆明650118)( 2．云南省重大传染病疫苗研发重点实验室，昆明650118)( 3．云南省科学技术院，昆明650118)

出版日期:2016-06-30 发布日期:2017-06-01
基金资助:
<p>基金项目: 国家科技支撑计划项目( No． 2014BAI01B01) ; 云南省联合支持国家计划项目( No． 2015GA009)</p>

Tree Shrews Adipose Tissue Transcriptome SNP Loci Excavation and its Functional Annotation

Online:2016-06-30 Published:2017-06-01

摘要/Abstract

摘要： 摘要: 从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP 分子标记。检测了6 只动物共计274 278 568 条unigene( 总长度43 138 417 bp) 序列信息后，在262 980 条unigene( 5. 75%) 中发现SNP 位点263 071 个，SNP 发生频率为1 /164 bp，其中转换( transition) 177 562 个，颠换( transversion) 85 509 个。在所有变异类型中，A/G 和C/T 发生频率最高，分别达33. 85%和33. 66%。将包含SNP 位点的262 980 条unigene 通过参比序列进行注释，并对其进行GO分类、COG 分类注释和代谢通路注释( KEGGpathway) ，结合已有研究，分别筛选到1 187 个有GO 注释、77 个有COG注释和1 080 条个有KEGG 通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP 标记。

关键词: <, p>, 树鼩, 转录组, 单核苷酸多态性, 功能注释<, /p>

Abstract: Abstract: SNP markers were developed from the transcriptome of tree shrew ( Tupaiabelangeri) abdominal adipose tissues among 6 different normal healthy tree shrews． After detecting 274 278 568 unigenes ( 43 138 415 bp) ，a total of 263 071 SNPs were identified in 262 980 unigenes ( 5. 75%) with the frequency of 1 /164bp， including transition 177 562 and transversion 85 509． A/G and C /T are the main types，accounting for 33. 85% and 33. 66% of all the SNPs， respectively． All the 262 980 SNP of all the unigenes were functionally annotated using the GenBankNrdatabas，geneontology ( GO) ，clusters of orthologous groups ( COG) and KEGG pathways． There are 1 178 SNPs annotated by GO，77 SNPs annotated by COG and 1 080 annotated by KEGG，which may link with the key genes of adipose formation and metabolism in adipose tissue，were obtained．

Key words: <p>Tree shrew, transcriptome, Single nueleotide polymorphism( SNP), functional annotation</p>

中图分类号:

Q95 － 33

罕园园, 孙晓梅, 匡德宣, 陆彩霞, 仝品芬, 王文广, 李娜, 余波, 代解杰. 树鼩脂肪转录组SNP 位点发掘及其功能注释[J]. 实验动物科学, 2016, 33(03): 13-19.

[1]	龙烟朦, 郑天威, 张巧稚, 苗向南, 田军, 尹良宏, 韩雪. 2017—2019 年 CD ( SD)大鼠 240 个 SNP 位点遗传检测结果分析 [J]. 实验动物科学, 2021, 38(5): 32-.
[2]	董建一, 李昶仪, 陈大朋, 王亮, 王福金, 王靖宇, 周子娟. 人参皂苷 Rb1 干预 DSS 诱导结肠炎模型小鼠转录组高通量测序及分析 [J]. 实验动物科学, 2021, 38(5): 42-.
[3]	尚艳姣, 周小军, 郭子潇, 袁征. iRhom2^Uncv 小鼠乳腺发育障碍的转录组分析[J]. 实验动物科学, 2020, 37(06): 49-.
[4]	王文广，匡德宣，仝品芬，李娜，陆彩霞，罕园园，孙晓梅，代解杰. 树鼩的标准化研究与应用进展[J]. 实验动物科学, 2020, 37(01): 74-.
[5]	马雪娜，白静，陈舒婷，雒东，李雅婵，周子娟，王福金，王爱国，王靖宇. SLC1A2基因SNP位点与拉布拉多和金毛猎犬活跃度的相关性研究[J]. 实验动物科学, 2019, 36(05): 9-.
[6]	李银银, 王洪, 李长龙, 郭萌, 魏杰. 用45 个SNP 位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3 个封闭群小鼠群体的遗传状况分析∗[J]. 实验动物科学, 2018, 35(1): 1-.
[7]	宋庆凯，尹博文，陈玲霞，李晓飞，苗雨润，代解杰，孙晓梅. 树鼩胸主动脉血管内皮细胞的分离培养与鉴定[J]. 实验动物科学, 2018, 35(06): 62-.
[8]	苗雨润，李娜，匡德宣，宋庆凯，袁圆，王璇，张志成，陆彩霞. 不同诱导条件对树鼩骨髓间充质干细胞向成骨细胞分化的影响[J]. 实验动物科学, 2018, 35(05): 46-.
[9]	陈玲霞，尹博文，苗雨润，宋庆凯，李晓飞，代解杰. 树鼩粪便中病毒三种浓缩方法的效果比较[J]. 实验动物科学, 2018, 35(02): 38-.
[10]	李银银，王洪，李长龙，郭萌，魏杰，张钰，黄韧，陈振文，杜小燕. 用45个SNP位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体的遗传状况分析[J]. 实验动物科学, 2018, 35(01): 1-.
[11]	王存龙, 龚菁菁, 李小红, 李银银, 霍学云, 路静, 吕建祎. Mylpf 基因在自发性糖尿病长爪沙鼠 6 种组织中的表达水平分析[J]. 实验动物科学, 2017, 34(05): 1-5.
[12]	王吉, 付瑞, 李晓波, 王淑菁, 卫礼, 巩薇, 岳秉飞, 贺争鸣. 牛疱疹病毒Ⅰ型 PCＲ检测方法的建立及在牛源样本检测中的应用[J]. 实验动物科学, 2017, 34(05): 6-12.
[13]	蔡骁垚, 张泉, 陈懿斐, 林颖峥, 熊炜, 魏晓锋, 陈鸿军. 鼠脑心肌炎病毒 TaqMan 探针荧光定量ＲT-PCＲ检测方法的建立[J]. 实验动物科学, 2017, 34(05): 13-17.
[14]	甘晓云, 寇光, 张五萍, 伍锡栋. 莪术醇对 HNE1 鼻咽癌细胞荷瘤鼠的抑瘤作用[J]. 实验动物科学, 2017, 34(05): 18-22.
[15]	齐越, 刘冉, 贾冬, 姜鸿, 康凯, 王雅斌. 温郁金挥发油对 Aβ25 － 35 致阿尔兹海默病小鼠模型行为学的影响[J]. 实验动物科学, 2017, 34(05): 23-27.