应用 24 个微卫星标记分析 SD 和 Wistar 大鼠的遗传多样性

doi:10. 3969 / j. issn. 1006-6179. 2022. 06. 006

实验动物科学 ›› 2022, Vol. 39 ›› Issue (6): 32-38.DOI: 10. 3969 / j. issn. 1006-6179. 2022. 06. 006

应用 24 个微卫星标记分析 SD 和 Wistar 大鼠的遗传多样性

(中国食品药品检定研究院,北京 102629)

收稿日期:2021-05-25 出版日期:2022-12-28 发布日期:2023-01-13
通讯作者: 岳秉飞( 1960—) ,男,研究员,博士. 研究方向:动物遗传学. E-mail:y6784@ 126. com
作者简介:李欢( 1996—) ,女,研究生. 研究方向:免疫遗传学. E-mail:13834661946@ 163. com 魏杰( 1982—) ,女,副研究员. 研究方向:免疫遗传学. E-mail:jane3040320@ 163. com
基金资助:
基于 SNP 技术建立我国常用实验动物遗传质量评价技术体系( 2021YFF0703200)

Genetic Diversity of SD and Wistar Rats was Analyzed by Using 24 Microsatellite Markers

(National Institutes for Food and Drug Control, Beijing 102629, China)

Received:2021-05-25 Online:2022-12-28 Published:2023-01-13

摘要/Abstract

摘要： 目的通过 SD 和 Wistar 大鼠群体遗传多样性分析,为其质量控制提供基础数据。方法采用微卫星 DNA标记技术,选取分布于 21 条染色体上的 24 个微卫星位点分别对 12 对 SD 大鼠和 Wistar 大鼠的 DNA 样本进行 PCR扩增,所得扩增产物经二代测序分型,再利用 PopGen32 软件、Littleprogram0. 6 和 GenePop 分别进行等位基因、平均杂合度、多态信息含量及遗传平衡检验参数的计算。结果 SD 和 Wistar 大鼠群体分别在 24 个微卫星位点检测到平均等位基因数 3、2. 95 个,平均杂合度为 0. 434 4、0. 426 1,平均多态信息含量分别为 0. 38、0. 37,分别有 10、9 个位点偏离了 Hardy-Weinberg 遗传平衡,其中 7、4 个位点表现为杂合子缺失。结论 SD 和 Wistar 大鼠封闭群遗传多样性略低于理想封闭群水平,需要在种群繁育中注重科学管理监测,避免近交。

关键词: 微卫星, 封闭群, Wistar 大鼠, SD 大鼠, 遗传多样性

Abstract: Objective To provide basic data for quality control by analyzing the genetic diversity of SD and Wistar rat populations. Method Using microsatellite DNA labeling technology, 24 microsatellite loci distributed on 21 chromosomes were selected for PCR amplification of DNA samples from 12 pairs of SD rats and Wistar rats, respectively. The amplified products were classified by second-generation sequencing. Then PopGen32 software, Littleprogram0. 6 and GenePop software were used to calculate alleles, average heterozygosity, polymorphism information content and genetic balance test parameters. Result The average number of alleles of 24 microsatellite loci in SD rats and Wistar rats was 3 and 2. 95, respectively. The average heterozygosity was 0. 434 4 and 0. 426 1, and the average polymorphism information content was 0. 38 and 0. 37, respectively. There were 10 and 9 loci deviating from the Hardy-Weinberg equilibrium. Among them, 7 and 4 loci showed heterozygous deletion. Conclusion The genetic diversity of SD and Wistar rat closed populations is slightly lower than that of ideal closed populations. It is necessary to pay attention to scientific management and monitoring in population breeding to avoid inbreeding.

Key words: microsatellite, closed colony, Wistar rats, SD rats, genetic diversity

中图分类号:

Q95-3

李欢, 魏杰, 左琴, 王洪, 周佳琪, 光姣娜, 范涛, 付瑞, 刘佐民, 岳秉飞. 应用 24 个微卫星标记分析 SD 和 Wistar 大鼠的遗传多样性[J]. 实验动物科学, 2022, 39(6): 32-38.

LI Huan, WEI Jie, ZUO Qin, WANG Hong, ZHOU Jiaqi, GUANG Jiaona, FAN Tao, FU Rui, LIU Zuomin, YUE Bingfei. Genetic Diversity of SD and Wistar Rats was Analyzed by Using 24 Microsatellite Markers[J]. Laboratory Animal Science, 2022, 39(6): 32-38.

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